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A lo largo de una década el Refugio solo ha contado con una atención parcial por parte de parte del MINAE, del ICT-PTGP, y de los municipios relacionados, razón por la cual ha ocurrido deterioro de sus recursos naturales y culturales.
Por tratarse de un área limítrofe entre áreas de conservación, a partir del 2004 las Áreas de Conservación Tempisque y Guanacaste, establecieron mecanismos de coordinación y acordaron que el ACT se encargara de la administración del Refugio, la cual le ha designado a un funcionario la coordinación del proceso de Iguanita.
El análisis de monitoreo de ASP aplicado por el ACT al Refugio, mediante el instrumento existente al efecto, y como base de referencia para planificar, arrojó como resultado un nivel de gestión poco aceptable, lo cual mejorará sustancialmente con la ejecución del plan de manejo, así como con la coordinación de las dos AC, con ente públicos y privados y la participación comunal.
Durante los años 2004 y 2005, tanto las direcciones de las Áreas de Conservación Tempisque y Guanacaste, como los Consejos Regionales de ambas áreas y el Consejo Nacional de Áreas de Conservación, han tomado importantes acuerdos a favor de mejorar la gestión del Refugio, incluyendo acuerdos a favor de su ampliación.
No se tiene infraestructura ni personal destacado en el Refugio y es urgente avanzar en las diligencias para un manejo y desarrollo eficiente de la zona, lo cual se pretende lograr mediante el plan de manejo, el establecimiento de una administración y un Consejo Local del Refugio.
La Dirección del ACT y la Administración del Refugio, deberán realizar las diligencias administrativas y técnicas, para lograr una amplia participación de las comunidades, las instituciones y el sector privado, en la gestión de dicho Refugio.
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Plan de Manejo del Refugio Nacional Iguanita (Spanish) 
