Las zonas aledañas al manglar son afectadas cada época seca por incendios forestales, provocados en muchos casos por cazadores furtivos, ocupantes que rodean la zona del Refugio o por campistas que prenden su fuego para cocinar cerca de los árboles, encontrándose evidencias de grave deterioro.
También se sospecha de incendios deliberadamente provocados para hacer daño a las condiciones ecológicas naturales de la zona. Los incendios afectan la cobertura boscosa, lo que provoca que con las lluvias se incremente la erosión y la sedimentación hacia el manglar y la bahía.
En sitios arqueológicos dentro y en los alrededores del Refugio, aflora gran cantidad de conchas y tiestos, y se observan evidencias abundantes de saqueo de tumbas y sitios. Persiste la amenaza de más daños, dado el incremento de la visitación turística y la poca vigilancia de la zona, por lo que urgen labores de protección de recursos naturales y culturales del área.
Con el crecimiento de las inversiones turísticas dentro del Polo Turístico Golfo de Papagayo (PTGP) y en tierras aledañas, se hace necesario incrementar los esfuerzos de conservación y establecer un vínculo entre el desarrollo turístico del Polo, que es de interés nacional, con nuevas oportunidades de desarrollo local, en beneficio de las comunidades, así como el fortalecimiento de las responsabilidades de los habitantes en la protección y conservación de las evidencias de las culturas prehispánicas.
La zona de Guanacaste ha incorporado una importante cantidad de emigrantes nacionales y centroamericanos, algunos de los cuales por sus escasos recursos o movidos por ciertos intereses, han pretendido radicar en los alrededores del Refugio, en condiciones de precarismo, que los lleva a realizar depredación de recursos.
El deterioro de la zona y terrenos aledaños, se debe principalmente a los siguientes factores:
- Al no contarse con una administración local, los entes involucrados: el MINAE, el ICT, y las municipalidades de Carrillo y Liberia, han realizado poco control y protección del Refugio y su alrededor inmediato
- Escasa investigación y pobre control de los recursos culturales por parte del Museo Nacional de Costa Rica
- La ausencia de infraestructura y oferta educacional y turística, de calidad, para los usuarios actuales y potenciales del sitio
- Una cierta cultura de uso desordenado y sin control de playas y sitios de acampar por visitantes
- Deterioro de recursos marinos de la Bahía Culebra, incluyendo la disminución y hasta la casi desaparición de algunas especies de interés comercial como peces ornamentales, la ostra, la langosta y el cambute, debido a la sobreexplotación, por lo que es fundamental incrementar las acciones de protección, manejo, conservación y restauración
- La ausencia de una estrategia para llevar a cabo el pertinente manejo y desarrollo del Refugio Iguanita, de manera que se realice un aprovechamiento sostenible del sitio, por medio de una oferta educativa, turística, y científica, de calidad, que sea a la vez compatible con la visión de desarrollo de la zona y los intereses comunales
Plan de Manejo del Refugio Nacional Iguanita (Spanish) 
